Tuo atveju, jeigu užsienietis atitinka visus kriterijus, norint gauti vizą arba leidimą laikinai gyventi Lietuvoje, jam šie dokumentai išduodami.
 
Tačiau praktikoje pasitaiko atvejų, kuomet leidimas laikinai gyventi arba viza užsieniečiui neišduodami. 
 
Išduoti ar pakeisti leidimą gyventi užsieniečiui atsisakoma, jeigu:
 
1) jo gyvenimas Lietuvos Respublikoje gali grėsti valstybės saugumui, viešajai tvarkai ar žmonių sveikatai;
 
2) duomenys, kuriuos jis pateikė norėdamas gauti leidimą gyventi, neatitinka tikrovės arba buvo pateikti neteisėtai įgyti ar suklastoti dokumentai;
 
3) dėl jo kita Šengeno valstybė į Šengeno informacinę sistemą yra įtraukusi įspėjimą dėl neįsileidimo, perspėjimą dėl draudimo užsieniečiui atvykti ir apsigyventi arba jis yra įtrauktas į užsieniečių, kuriems draudžiama atvykti į Lietuvos Respubliką, nacionalinį sąrašą;
 
4) neturi pakankamai lėšų ir (ar) negauna reguliarių pajamų, kurių pakanka pragyventi Lietuvos Respublikoje; 
 
5) nepateikė rašytinio pasižadėjimo, kad deklaruos savo gyvenamąją vietą gyvenamojoje patalpoje, kuri atitiks vienam asmeniui tenkančio gyvenamojo ploto reikalavimą;
 
7) neturi galiojančio sveikatos draudimą patvirtinančio dokumento;
 
8) yra rimtas pagrindas manyti, kad jis yra padaręs nusikaltimą taikai, nusikaltimą žmoniškumui ar karo nusikaltimą; 
 
9) užsienietis ir jo šeimos narys, kuris atvyko gyventi į Lietuvos Respubliką šeimos susijungimo pagrindu, daugiau negyvena palaikydami realius santuokinius ar šeimos santykius.
 
10) jis turi didesnę negu vieno bazinės socialinės išmokos dydžio mokestinę nepriemoką Lietuvos Respublikos valstybės biudžetui, savivaldybių biudžetams ar fondams, į kuriuos mokamus mokesčius administruoja Valstybinė mokesčių inspekcija;
 
11) yra rimtas pagrindas manyti, kad gali kilti užsieniečio nelegalios migracijos grėsmė.
 
13) jis neatitinka sąlygų, kurios nustatytos leidimui gyventi gauti konkrečiu šiame Įstatyme nustatytu pagrindu.
 
14) yra rimtas pagrindas manyti, kad leidimo gyventi prašoma siekiant išvengti baudžiamosios atsakomybės, jeigu Lietuvos Respublikos įstatymai už tokio nusikaltimo padarymą numato baudžiamąją atsakomybę, taikymo užsienio valstybėje ir (arba) užsienietis darys nusikalstamas veikas Lietuvos Respublikoje;
 
15) užsienietis, priimtas studijuoti į mokslo ir studijų instituciją pagal studijų programą (programas), yra surinkęs mažiau kaip 40 studijų kreditų per pastaruosius vienerius studijų metus arba yra pašalintas iš mokslo ir studijų institucijos pagal jos nustatytą studijų organizavimo tvarką.
 
Vienas iš tokių atvejų, nagrinėjamų teismų praktikoje, yra kuomet užsienietis kelia grėsmę Lietuvos Respublikos saugumui, viešajai tvarkai ir žmonių sveikatai, todėl kyla jo nelegalios migracijos grėsmė ar grėsmė nacionaliniam saugumui.
 
1. Užsienietis nurodė, kad keliauja turistiniais tikslais, yra susituokęs su Lietuvos Respublikos piliete, Šengene nekeliavęs. Verta pažymėti, kad pareiškėjas nuslepė faktą, kad buvo pateikęs prašymą dėl vizos gavimo kitoje ambasadoje, negalėjo paaiškinti, kodėl keliauja turistiniais tikslais, jei tikrąjį tikslą paaiškina kaip sutuoktinės lankymą. Taigi, deklaruojamas kelionės tikslas skiriasi nuo realaus. 
 
2. Taip pat draudimo polisas neapima vizos prašymo laikotarpio, nepateikta viešbučio rezervacija. 
 
3. Be to, pareiškėjas yra jauno amžiaus, neturi darbo, todėl patenka į neteisėtos migracijos rizikos grupę. 
 
4. Nebuvo galima numanyti, kad pareiškėjas išvyks iš Lietuvos iki vizos pabaigos. 
 
5. Taip pat pabrėžtina, kad priimant sprendimą dėl vizos neišdavimo vertinama ir pareiškėjo reputacija bei teistumas. Analizuojamu atveju pareiškėjas per metus gyvenimo Lietuvoje buvo 21 kartą teistas administracine tvarka, iš jų 2 kartus už nelegalų darbą, todėl konsului kilo pagrįstų abejonių, jog pareiškėjui paskirtos baudos nėra pasiekusios savo tikslo atgrasyti jį nuo pažeidimų ir nusižengimų darymo. Šis asmuo buvo baudžiamas administracinėmis baudomis už valstybės rinkliavos už automobilio stovėjimą nesumokėjimą, gyveno Lietuvos Respublikoje turėdamas leidimą laikinai gyventi, kurio galiojimo laikas buvo pasibaigęs. Taip pat šis asmuo, būdamas bendrovės direktoriumi, įdarbino užsienietį, nesudaręs su juo darbo sutarties, nepranešęs valstybinio socialinio draudimo fondui apie šio asmens įdarbinimą, išmokėjo darbo užmokesčius, kurie buvo neapskaityti bendrovės buhalteriniuose dokumentuose. Maža to, šis pilietis nelegaliai įdarbino 3 asmenis.  Įvertinus visą situaciją, galima daryti pagrįstą išvadą, kad toks pilietis kelia grėsmę viešajai tvarkai ir visuomenei bei labiausiai tikėtina, kad jis ir toliau atliks nelegalius veiksmus ir darys teisinės sistemos pažeidimus.
 
6. Taip pat šioje byloje manoma, jog sudaryta santuoka yra fiktyvi ir ja prisidengiama norint vykti į Europos šalis ieškoti geresnio gyvenimo galimybių.
 
7. Kitoje byloje prašymas išduoti leidimą laikinai gyventi Lietuvoje buvo atmestas tuo pagrindu, kad asmens gyvenimas Lietuvos Respublikoje gali kelti grėsmę valstybės saugumui, nes šis asmuo, dirbdamas Rusijos Federacijos muitinėje, privalėjo būti lojalus Rusijos Federacijai ir palaikyti Rusijos valdžią bei jos vykdomą agresyvią užsienio politiką, kuri kelia grėsmę Lietuvos nacionaliniam saugumui.
 
Reziumuojant, ar asmeniui bus išduodama viza ar leidimas laikinai gyventi, ypatingas dėmesys skiriamas analizei bei įvertinimui, ar asmuo nekelia nelegalios migracijos rizikos ar rizikos valstybių narių saugumui bei tai, ar prašymą išduoti vizą pateikęs asmuo ketina išvykti iš valstybių narių teritorijos iki prašomos išduoti vizos galiojimo laikotarpio pabaigos.
 
Išduota nacionalinė viza panaikinama, jei užsienietis nepagrindžia numatomo buvimo Lietuvos Respublikoje tikslo ir sąlygų arba kyla pagrįstų abejonių dėl jo pareiškimo patikimumo.
 
Nustačius bent vieną iš pagrindų, Migracijos departamentas turi ne tik teisę, tačiau ir pareigą panaikinti nacionalinę vizą. 
 
Taip pat pažymėtina, kad teismas yra nustatęs, jog visuomenės ir valstybės interesas, kad Lietuvos Respublika suteiktų teisę atvykti ir būti tik tiems užsieniečiams, kurie atitinka įstatymo keliamus reikalavimus yra svarbesnis už užsieniečio patiriamus nepatogumus. 
 
Teismai yra išaiškinę, kad sprendžiant dėl atsisakymo išduoti leidimą laikinai gyventi, privalo būti įvertintos galimos grėsmės valstybės saugumui, viešajai tvarkai ar žmonių sveikatai realumas ir akivaizdumas. Todėl kiekvienu konkrečiu atveju reikia ištirti konkrečią situaciją. Tačiau tai negali būti paremta spėjimais, o pagrįsta faktais.